1940-1941

Lors de la première occupation russe (1940-1941), les trois Pays Baltes furent incorporés à l’Union Soviétique.

Le Métropolite Alexandre fut contraint de rejoindre le Patriarcat de Moscou et de se « repentir d’être sorti du giron de la Mère-Eglise » (30 mars 1941).  L’autonomie fut annulée et le Diocèse d’Estonie fut placé sous la juridiction de l’Exarchat du Métropolite Serge de Riga (Patriarcat de Moscou). Cet acte de soumission n’a jamais pu, malgré les pressions du régime d’alors, être ratifié par les instances de l’Eglise Orthodoxe d’Estonie.