1941-1944

Les autorités allemandes, en réoccupant  l’Estonie (1941-1944) restèrent  neutres :

d’une part notre Eglise retrouva son statut d’autonomie (28 octobre 1942) sous la condition expresse de rompre tout contact avec le Patriarcat Oecuménique ;
d’autre part, le 20 août 1942, l’ occupation allemande reconnaissait aussi l’existence en terre d’Estonie du Métropolite Serge  comme Exarque de l’Estonie et de la Lettonie.

Cette collaboration de  l’Exarque Serge (lui-même un agent du NGPU) avec les Allemands porta des fruits : une partie des paroisses russophones et le Monastère de Petseri se soumirent à sa juridiction, détruisant du coup l’unité qui régnait au sein de l’Eglise Orthodoxe d’Estonie.